L'inconvénient d'un avantage fiscal est qu'on est remboursé plus tard dans l'année lors du règlement des impôts. Le gouvernement a toutefois veillé à ce que vous puissiez déjà tenir compte de l’exemption lors du calcul du précompte de société, si le covoiturage est organisé par l'employeur. 

Si une indemnisation est payée à un covoitureur (chauffeur ou passager) pour les trajets domicile-travail, alors ce montant ne doit pas être soumis au précompte de société à 2 conditions :

1. Le montant ne peut pas dépasser le prix d'un abonnement de train en première classe pour cette distance.
2. L'employé doit signer une déclaration dans laquelle il confirme qu'il ne revendiquera pas lors de la déclaration de ses revenus pour l’année concernée ses frais professionnels effectifs. Vous trouverez dans le manuel fiscal, un exemple de déclaration semblable. Cette déclaration est destinée à l'employeur.